ทั้งน้ำยาฆ่าเชื้อและยาต้านจุลชีพสามารถฆ่าหรือหยุดยั้งการเติบโตของเชื้อโรคได้เหมือนกัน แต่น้ำยาฆ่าเชื้อเป็นสารที่ใช้ภายนอกร่างกาย เช่น บางชนิดใช้ทาแผลสด และบางชนิดใช้ทำความสะอาดพื้นผนัง ส่วนยาต้านจุลชีพ (รวมถึง ยาปฏิชีวนะ ยาต้านไวรัส ยาต้านเชื้อมาลาเรีย และยาต้านวัณโรค) เป็นยาที่ใช้ภายในร่างกายผ่านทางการรับประทาน ฉีดเข้ากล้ามเนื้อ หรือฉีดเข้ากระแสเลือด
อย่างไรก็ดีคำว่า “ยาฆ่าเชื้อ” เป็นคำที่มีความหมายเหมือนกับยาต้านจุลชีพ ซึ่งรวมถึง ยาปฏิชีวนะ ยาต้านไวรัส ยาต้านมาลาเรีย และยาต้านวัณโรคเข้าด้วยกัน คนไทยยังมีการเรียกสับสนระหว่าง “ยาฆ่าเชื้อ” “ยาแก้อักเสบ” และ “ยาปฏิชีวนะ”
สิ่งที่สำคัญที่สุดที่ควรรู้คือ ยาปฏิชีวนะต้องใช้อย่างถูกต้อง การใช้ยาปฏิชีวนะทำให้เกิดเชื้อดื้อยาและเป็นปัญหาสำคัญระดับโลก มีผู้ป่วยจำนวนมากตายจากเชื้อดื้อยา